Первое упоминание о церкви Воскресения в Молодях встречается в «Истории государства Российского» Н. М. Карамзина, при описании битвы русских войск под предводительством князя Михаила Воротынского с войском крымского хана Девлет-Гирея в 1572 г. Как описывает Н.М.Карамзин, битва произошла «1 августа, в пятидесяти верстах от столицы у Воскресения в Молодях» (Том 9, гл.4). С тех времён существовал деревянный храм. В середине XVII века церковь Воскресения Христова стояла на погосте в Молодях. В 1646 году деревня принадлежала новокрещённому Федоту Измет-ильдееву, сыну Резанову, и приближённому к царской семье дворянину Прокофию Фёдоровичу Соковнину. При Соковниных погост в Молодях слился с деревней, появилось село Молоди. В это же время владельцами села выстроено новое деревянное здание церкви. Новый храм располагался рядом с их усадьбой, по-видимому недалеко от современного храма.
После смерти Прокофия Соковнина вотчина с селом Молоди перешла во владение его четверых детей. Дочери – Феодосия (боярыня Морозова) и Евдокия (княгиня Урусова) – вошли в историю, как ревнительницы старой веры, сочувствующие бунтарскому духу старообрядческих общин, несогласных с церковными реформами патриарха Никона. Бывали ли сёстры в селе Молоди, доподлинно не известно. Можно лишь предполагать, что часть своего детства, они провели в подмосковной вотчине своих родителей.
В 1699 г. царём Петром I Молоди было пожаловано выдающемуся деятелю русской истории петровского времени боярину Фёдору Алексеевичу Головину.
В 1703 г. началось строительство каменной церкви. 14 мая 1706 г. по благословению митрополита Стефана (Яворского), патриаршего местоблюстителя, был выдан антиминс к освящению вновь построенного храма. Следующая крупная перестройка, после которой церковь приобрела современный вид, проведена в 70–80-х годах XVIII века, по-видимому, помещиком Алексеем Ивановичем Салтыковым. По проекту неизвестного архитектора размеры храма были значительно увеличены.
В трапезной разместились два новых придела, были вновь отстроены две башни-колокольни. С северной и южной части здания появились два одинаковых притвора с фронтонными завершениями. Внутри церковь вновь расписали масляными красками. После смерти хозяина села Молоди А.И. Салтыкова, в конце 1770 годов у ограды храма с восточной стороны, в нескольких метрах от алтаря, была построена усыпальница. Кирпичное, прямоугольное здание с невысокой шатровой кровлей в виде пирамиды стало последним прибежищем помещика. Новый владелец села Молоди Степан Егорович Коротков в честь своего небесного покровителя устроил в Воскресенской церкви придел «Во имя святого Стефана Сурожского Чудотворца».
В дальнейшем с середины XIX до середины XX века в храме проводились лишь ремонтные работы и незначительные перестроения. В середине XIX века селом владела А.Д.Бестужева. Последним владельцем был А. И. Бородин. В 1913-1916 годах в его запущенной усадьбе семья художника Л. О. Пастернака снимала дачу.
После Октябрьской революции 1917 года священнослужители, проводившие богослужения в уцелевших храмах, постоянно подвергались опасности быть арестованными и расстрелянными. Именно такая судьба постигла священника Михаила Рыбина, уроженца села Молоди. Родился он в 1877 году в семье крестьянина Федора Рыбина. В зрелом возрасте с 1919 года Михаил Федорович стал служить псаломщиком в храме. В 1925 году был рукоположен в сан священника. Последним местом служения отца Михаила стала церковь Воскресения Христова в его родном селе Молоди. 25 января 1938 года, по сфабрикованному обвинению в антисоветской агитации, священник Михаил Рыбин был арестован. 2-го февраля того же года «тройка» НКВД приговорила отца Михаила к расстрелу. 17 февраля приговор был приведен в исполнение на подмосковном Бутовском полигоне. Память священномученика Михаила совершается в день его мученической кончины – 17 февраля, а также в день празднования Собора новомучеников и исповедников Церкви Русской – 7 февраля.
После ареста настоятеля храма священника Михаила Рыбина церковь Воскресения Христова в селе Молоди была закрыта и использовалась как зернохранилище. По окончании войны, в 1946 году, по настоятельным просьбам верующих, в стенах храма вновь начались богослужения.
Последним священником, служившим в советское время в Воскресенском молодинском храме, стал Василий Михайлович Лебедев (ныне находящийся на покое архиепископ Мелхиседек). Отец Василий родился в 1927 году в крестьянской семье в деревне Ново-Черкасово Шатурского района Московской области. В 1946 году поступил в Московскую духовную семинарию, по окончании которой был рукоположен во священника. В феврале 1955 года был назначен настоятелем храма Воскресения Христова в селе Молоди, где положил немало трудов, восстанавливая приходскую жизнь. В 1961 году отец Василий был переведён настоятелем в церковь Рождества Пресвятой Богородицы города Орехово-Зуево и назначен благочинным церквей Орехово-Зуевского округа Московской епархии. Однако с уходом настоятеля богослужения в молодинском храме прекратились.
19 июня 1961 года местная власть вынесла постановление об изъятии здания церкви у общины верующих. Храм закрыли, и вся церковная утварь, иконы и иконостасы были бесследно утрачены. К южному приделу пристроили кинобудку, а к северному – котельную с кирпичной трубой. Пространство храма приспособили под сельский клуб. Надгробия, находившиеся рядом с храмом, куда-то вывезли, а церковную ограду сняли.
Воскресенский храм был вновь передан верующим в 1991 году. Указом митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия новым настоятелем назначался священник Константин Лебедев – сын своего предшественника по месту служения архиепископа Мелхиседека (Лебедева). Отцу Константину пришлось немало потрудиться, чтобы возродить жизнь прихода, вернуть храму былую красоту и величие. При отце Константине были проведены масштабные ремонтные работы, воссоздано внутреннее убранство, восстановлены церковная ограда и усыпальница.
Петропавловский придел Воскресенского храма тщанием отца Константина стал первым после многолетнего перерыва в Московской епархии, где совершено великое освящение престола тремя архиереями: митрополитом Ювеналием, архиепископом Мелхиседеком и епископом Григорием. Воскресенский храм стал одним из центров возрождения православия в южном Подмосковье. В 2012 году протоиерей Константин преставился ко Господу, прослужив в Воскресенском храме 21 год.
Ныне, милостью Божией, молитвами и трудами верующих продолжается восстановление былого благолепия Воскресенской церкви, развивается приходская жизнь. Храм открыт ежедневно. Действует воскресная школа для детей, проводятся еженедельные занятия по изучению Священного Писания для взрослых. Богослужения совершаются в выходные и праздничные дни.